Copyright - Een bio-ethisch essay - Katrien Devolder en Johan Braeckman - Universitaire Pers Leuven 2001 - ISBN 90-5867-154-2

Darwins Moordbekentenis - De ontwikkeling van het denken van Charles Darwin - Johan Braeckman - Uitgeverij Nieuwezijds 2001 - ISBN 90-5712-125-5

Ethiek van DNA tot 9/11 - Johan Braeckman, Bert de Reuver en Thomas Vervisch (red.) - Amsterdam University Press 2005 - ISBN 90-5356-753-4

De rivier van Herakleitos. Een eigenzinnige visie op de wijsbegeerte - Etienne Vermeersch en Johan Braeckman - Houtekiet 2008

Kritisch denken. Hoorcollege over het ontwikkelen van heldere ideeën en argumenten. (audio-cd of MP3) - Johan Braeckman - Home Academy 2011, Nederland - ISBN 9789085300731

Goed, beter, best? Over de maakbaarheid van de mens. - Johan Braeckman, Aeneas De Baets, Johan Declercq, Ignaas Devisch, Marjan Joris en Liesbet Lauwereys (red.) - Academia Press 2011 - ISBN 9789038217123

Darwin en de evolutietheorie. Een hoorcollege over zijn leven, denken en de gevolgen van zijn werk. (audio-cd of MP3) - Johan Braeckman - Home Academy 2010, Nederland - ISBN 9789085300847

The Moral Brain. Essays on the Evolutionary and Neuroscientific Aspects of Morality. - Jan Verplaetse, Jelle De Schrijver, Sven Vanneste en Johan Braeckman (eds.) - Springer 2009 - ISBN 9781402062865

De ongelovige Thomas heeft een punt. Een handleiding voor kritisch denken van Johan Braeckman en Maarten Boudry, verkozen tot 'Liberales-boek van het jaar 2011'. - Houtekiet - ISBN 9789089241887

Fascinerend leven. Markante figuren en ideeën uit de geschiedenis van de biologie - Linda Van Speybroeck en Johan Braeckman - Academia Press 2013

Recht maken wat krom is?, Een hoorcollege over bio-ethiek - Johan Braeckman - Home Academy 2015, Nederland - ISBN 9789085301370

Valkuilen van ons denken, Een hoorcollege over de kracht van kritisch denken - Johan Braeckman - Home Academy 2017, Nederland - ISBN 9789085301691

Arthur Conan Doyle. Een hoorcollege over zijn leven, werk en zijn creatie Sherlock Holmes - Jean Paul Van Bendegem, Johan Braeckman en Vitalski - Home Academy 2017, Nederland

Verlichting vandaag. Een hoorcollege over verlichtingsfilosofie in multidisciplinair en hedendaags perspectief - Johan Braeckman, Herman Philipse, Ronald Commers, Koen| Lemmens, Ivan Van de Cloot, Tinneke Beeckman, Patrick Loobuyck - Home Academy 2019, Nederland

Er was eens - over de mens als vertellende aap - Johan Braeckman - Confituur 2017 - ISBN 9789089245892

Etienne Vermeersch - Nagelaten geschriften - Johan Braeckman en Dirk Verhofstadt - Houtekiet 2019 - ISBN 9789089247537

Frankenstein. Een hoorcollege over Mary Shelley's creatie in wetenschaps- en cultuurhistorisch perspectief - Jean Paul Van Bendegem, Johan Braeckman en Vitalski - Home Academy 2019, Nederland

Dirk Verhofstadt in gesprek met Johan Braeckman, een zoektocht naar menselijkheid (deel 1) - Dirk Verhofstadt en Johan Braeckman - Houtekiet 2021 - ISBN 9789089249784

Van mythen tot Socrates, Een hoorcollege geschiedenis van de westerse wijsbegeerte, van 3.000 tot 400 v.C. - Johan Braeckman - Home Academy 2022, Nederland - ISBN 9789085302353

Edgar Allan Poe, Een hoorcollege over zijn leven, ideeën en werk - Jean Paul Van Bendegem, Johan Braeckman en Vitalski - Home Academy 2022, Nederland - ISBN 9789085302384

Van Plato tot Sextus Empiricus, Een hoorcollege geschiedenis van de westerse wijsbegeerte, van de 4e eeuw v.C. tot de 3e eeuw n.C. - Johan Braeckman - Home Academy 2022, Nederland - ISBN 9789085302414

Ezelsoren, Kanttekeningen bij moeilijke kwesties - Johan Braeckman - Houtekiet 2022 - ISBN 9789089244970

Leve het goede leven! Humanisme voor iedereen – Johan Braeckman en Gwenny Cooman – ASP 2023

Van Euclides tot Augustinus, Een hoorcollege geschiedenis van de westerse wijsbegeerte, van de 3e eeuw v.C. tot de 6e eeuw n.C. - Johan Braeckman - Home Academy 2023, Nederland - ISBN 9789085302506

Lewis Carroll, Een hoorcollege over zijn leven en oeuvre - Jean Paul Van Bendegem, Johan Braeckman en Vitalski - Home Academy 2024, Nederland - ISBN 9789085302582

Van Boëthius tot Pico della Mirandola, Een hoorcollege geschiedenis van de westerse wijsbegeerte, van de 6e tot de 16e eeuw - Johan Braeckman - Home Academy 2024, Nederland - ISBN 9789085302636

De elementaire Sherlock. De beste verhalen van Sherlock Holmes (Arthur Conan Doyle), gekozen en geannoteerd door Jean Paul Van Bendegem, Johan Braeckman en Don Vitalski - Houtekiet, 2024 - ISBN 978-90-5240-936-8

Van Cusanus tot Montaigne, Een hoorcollege geschiedenis van de westerse wijsbegeerte, van de 15e eeuw tot de 17e eeuw - Johan Braeckman - ISBN 9789085302759

Aldo Leopolds poëtica en de ecologie als wetenschap - woord vooraf bij Aldo Leopold, Denken als een berg - Noordboek 2025 - ISBN 9789464712438

​Ludwig Feuerbachs eerherstel aan de mens - woord vooraf bij Ludwig Feuerbach, Het wezen van het christendom - Damon, 2025 - ISBN 9789463404259